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Coordination :
MC Fonkoua (Centre Pasteur du Cameroun, Yaoundé)
Surveillance des résistances aux antibiotiques de bactéries entéropathogènes à l’origine de diarrhées.
> Situation du projet
> Situations locales
> Résulats attendus
SITUATION DU PROJET DANS LE CONTEXTE INTERNATIONAL
Les maladies infectieuses sont responsables de 25 % des décès dans le monde. Parmi elles, les diarrhées occupent la 3ème place des infections les plus meurtrières en occasionnant le décès d’environ 2,2 millions de personnes par an dont près de 2 millions d’enfants de moins de 5 ans.
Sous l’effet d’une utilisation souvent inadéquate et trop large des antibiotiques, des résistances bactériennes à ces médicaments se sont rapidement développées. Ces résistances sont l’expression phénotypique de modifications génétiques apparaissant à l’occasion de mutations ou de transferts d’informations génétiques.
Ces phénomènes peuvent parfois engendrer des résistances multiples rendant très difficiles les prises en charges thérapeutiques des patients infectés par de telles bactéries, en particulier dans les pays en voie de développement où les molécules les plus récentes et seules efficaces ne sont pas toujours disponibles ou sont trop onéreuses.
Le taux des résistances des divers agents infectieux est variable selon les zones géographiques et selon les pays mais partout cela a de lourdes répercutions en santé publique.
SITUATIONS LOCALES
> Vietnam > Cambodge > RCA > Madagascar > Cameroun > Sénégal > Côte d'ivoire > Roumanie > Tunisie > Maroc
Vietnam
les diarrhées sont la première cause d’hospitalisation (170 791 patients hospitalisés en 1996). Les médecins ont rarement recours, en première intention, aux examens bactériologiques et à l’antibiogramme. Le plus souvent, ils administrent une antibiothérapie présomptive. Une étude menée sur des bactéries entéropathogènes isolées chez des patients diarrhéiques à Hanoi, entre 1996 et 1999 [1], a montré de forts taux de résistances. : 77% de résistance à l’ampicilline, 64% de résistance au chloramphénicol, 78 % de résistance au triméthoprime-sulfaméthoxazole (STX) mais 0 % de résistance à la ciprofloxacine pour les shigelles ; forts niveaux de résistance à l’ampicilline, au STX et à la tétracycline pour les Escherichia coli entérotoxinogènes (ETEC) ; apparition de résistances à la ciprofloxacine pour Campylobacter (7% au Vietnam contre 77% à Bangkok). Les autres études de surveillance des résistances menées dans les pays voisins montrent également toutes une augmentation progressive du nombre de souches de bactéries multirésistantes isolées à partir des diarrhées [2,3].
Cambodge
les diarrhées représentent aussi une des premières causes de morbidité aussi bien chez l’enfant que chez l’adulte. Pour des raisons économiques, les coprocultures sont rarement prescrites et peu de laboratoires sont suffisamment équipés pour les réaliser dans de bonnes conditions. D’autre part l’antibiothérapie n’est pas standardisée en partie parce que beaucoup de médicaments sont en vente libre. Les informations concernant la sensibilité aux antibiotiques des souches isolées à l’IP du Cambodge ne sont pas représentatives de l’ensemble du pays néanmoins elles ont une valeur indicative. A titre d’exemple, au cours de l’année 2001, nous avons observé parmi les souches d’Escherichia coli pathogènes, 95% de résistance à l’ampicilline, 89% de résistance à l’association triméthoprime-sulfaméthoxazole, 68% de résistance à la ciprofloxacine.
RCA
l’isolement et l’antibiogramme sont rarement demandés. Les données concernant l’antibiorésistance des bactéries isolées des selles sont donc très parcellaires. Elles concernent essentiellement les diarrhées aiguës, les syndromes dysentériques, les diarrhées chroniques de l’adulte [28] et des épisodes épidémiques de diarrhées hémorragiques à E. coli [29]. Une étude rétrospective menée sur les bactéries responsables de diarrhées chez des patients se présentant à l’Institut Pasteur de Bangui a montré des taux de souches résistantes ou de sensibilité intermédiaire de 64% pour l’amoxicilline, 55% pour le chloramphénicol, 87% pour l’association triméthoprime/sulfaméthoxazole mais de 0% pour la ceftriaxone et la ciprofloxacine (données non publiées).
Madagascar
Les diarrhées constituent, comme dans les autres pays de la zone intertropicale, un problème majeur de santé publique surtout chez les jeunes enfants. Les diarrhées virales (rotavirus et adénovirus) semblent les plus fréquentes [4] mais des épidémies de diarrhées d’origine bactérienne surviennent fréquemment en saison des pluies.
Cameroun
les diarrhées constituent également un grave problème de santé chez les enfants de moins de 5 ans (Fotsing Kwetche 2001).
Les données consignées dans les rapports d’activités annuels du Centre Pasteur corroborent cette thèse. Une étude récente sur les diarrhées infantiles, initiée par l’Institut de Recherche et Développement (IRD), a été réalisée à Yaoundé, en zone urbaine. Elle permet d’appréhender la prévalence des différents agents pathogènes, bactériens entre autres. Les premiers résultats indiquent une nette prédominance des Campylobacter (environ 14%), suivi des genres Shigella (de l’ordre de 8%) et Salmonella (4%). Quant aux E.coli, une étude plus approfondie devrait permettre d’apprécier la réelle implication de ce genre. Concernant les Campylobacter, il serait souhaitable de pouvoir mettre en place au Cameroun des moyens diagnostiques plus spécifiques et notamment la confirmation par PCR du diagnostic d’espèce.
Deux épidémies de diarrhées en zone rurale, dont la plus importante et meurtrière était survenue à Ngoila, région enclavée située dans la province de l’Est, avaient été explorées entre novembre 1997 et avril 1998 [12]. Il avait été isolé, pour la première fois au Cameroun, 12 souches de E.coli entéro-hémorragiques (EHEC, E.coli O157), parfois en association avec Shigella dysenteriae et ou avec Entamoeba histolytica. En mars 2000, lors d’une autre épidémie survenant dans la province de l’Ouest mais de pronostic moins sévère, seule Shigella dysenteriae avait été isolée, parfois en association avec des amibes.
En octobre 2001, une épidémie de diarrhées s’était déclenchée dans la prison centrale de Yaoundé et avait touchée 253 personnes. Une fois de plus, Shigella dysenteriae avait été retrouvée seule ou en association avec Entamoeba histolytica. La sensibilité des souches aux antibiotiques avait été variable, notamment aux aminopénicillines et au cotrimoxazole, par contre elle avait été excellente pour les quinolones de première génération (acide nalidixique) et les fluoroquinolones. Il est intéressant de noter la nette prédominance du sérotype flexneri (>75% des isolats de shigelles isolées en pratique courante), le sérotype dysenteriae étant plus rare (environ 10%). Il serait également intéressant de comprendre ou d’appréhender les facteurs favorisants l’émergence de telles épidémies à S. dysenteriae qui demeurent un fléau dans de nombreux pays. En pratique de routine, 86 à 92% des souches de shigelles (tous sérotypes confondus) sont résistantes au cotrimoxazole et 40% au chloramphénicol. Par contre, les sérotypes flexneri et boydii semblent plus résistants aux aminopénicillines (85 et 86% respectivement) que les sérotypes dysenteriae et sonnei (38% et 0%) ( Rapports CPC) [13]. En revanche, les céphalosporines de 3ème génération ainsi que les fluoroquinolones conservent une excellente activité sur l’ensemble de ces souches [14]. Ces premiers résultats méritent une attention particulière et montrent l’intérêt de la mise en place d’un réseau de surveillance épidémiologique et des résistances bactériennes aux antibiotiques. Par ailleurs, les salmonelles (sérotypes prédominants : typhimurium >50% et enteritidis 25%) apparaissent de plus en plus résistantes aux antibiotiques, notamment aux b-lactamines (50 à 73%) et au cotrimoxazole (63%). La résistance au chloramphénicol est de l’ordre de 28% (Colloque scientifique des Instituts Pasteur, Ho Chi Minh, 2001).
Sénégal
les données actuellement disponibles émanent de quelques publications sénégalaises et surtout, pour la sensibilité aux antibiotiques, des données du Centre National Sénégalais des Entérobactéries (CNSE, I. Pasteur de Dakar, LABM). Le CNSE reçoit annuellement en moyenne 200 souches de salmonelles (sérotypage et antibiogramme) et 60-100 souches de shigelles. Peu de données sénégalaises sont disponibles sur les taux de morbidité. Quand l’examen bactériologique des selles est demandé, 6 à 10 % des diarrhées présentent une étiologie bactérienne authentifiée. Les salmonelles représentent 70-80 % des étiologies bactériennes, les shigelles 10%. Les Campylobacter sont rares (2-3%) et sont isolés uniquement chez l’enfant. Parmi les Salmonelles, S. enteritidis est le sérotype prédominant (25-30%), devant S. typhi (9-10%), S. typhimurium (9-10%). S. kentucky, S. hadar sont également des sérotypes fréquents. Pour les shigelles, les espèces les plus fréquentes sont S. sonnei et S. flexneri (80% des souches). S. dysenteriae est de moins en moins souvent isolée.
Pour les salmonelles, le taux global de résistance aux aminopénicillines est actuellement à 12,7%, en décroissance depuis 3-4 ans. Les taux de résistance au cotrimoxazole, à la tétracycline et au chloramphénicol atteignent respectivement 10%, 16% et 5%. Comme pour les aminopénicillines, ces taux sont en décroissance régulière, en particulier pour la tétracycline. Quelques souches résistantes aux quinolones (acide nalidixique) sont observées ainsi que des souches de sensibilité diminuée aux fluoroquinolones. On observe également la circulation de souches porteuse de bétalactamase à spectre élargi. Les souches de S. typhi sont constamment sensibles, S. typhimurium est le sérotype le plus résistant avec une circulation de souches de phénotype ACSuS.
Pour les Shigelles, le taux global de résistance aux aminopénicillines se situe entre 30 et 40%. Les taux de résistance au cotrimoxazole, à la tétracycline et au chloramphénicol atteignent respectivement 80%, 95% et 35%. Les souches de S. dysenteriae sont constamment résistantes aux pénicillines, chloramphénicol, tétracycline et cotrimoxazole (phénotype ACST). Ce phénotype est observé pour S. flexneri depuis 2001 (30% des souches). Les souches de S. sonnei sont sensibles aux pénicillines mais constamment résistantes au cotrimoxazole et à la tétracycline. Pour cette espèce, la résistance au chloramphénicol (10%) est d’apparition récente.
Aucune donnée n’est disponible pour les Campylobacter.
Côte d’Ivoire
Les salmonelles isolées chez l’Homme (78 % de Salmonella enteritidis et 19 % de Salmonella typhi) sont résistantes à l’ampicilline dans 66,6 % des cas, au chloramphénicol dans 16 % des cas et aux céphalosporines de 3ème génération pour 6 % des souches. Entre 1990 et 1999, la résistance au cotrimoxazole est passé de 33,4 % à 52,2 %. En ce qui concerne les shigelles (68,8 % de S. flexneri, 14,1 % de S. dysenteriae et 17,1 % de S. sonnei), les taux de résistance à l’ampicilline, au cotrimoxazole et au chloramphénicol sont respectivement de 56 %, 55 % et 52 %. Parmi les Escherichia coli isolées, 52 % étaient résistantes à l’ampicilline [15,16,17,18,19,20].
Roumanie
La situation des maladies diarrhéiques observée ces dernières années est résumée dans le tableau ci-après [21,22,23]:
Tunisie
La diarrhée représente le 2ème motif de consultation chez les enfants de moins de 5ans ( après les infections respiratoires aiguës), la 3ème cause d’hospitalisation et l’une des principales causes de décès des nourrissons et des jeunes enfants. Un programme national de lutte anti-diarrhéique a été lancé en 1980 par le Ministère de la Santé Publique, en collaboration avec l’OMS et l’UNICEF. Des évaluations récentes ont montré que la diarrhée représentait, en 1988, 48% des causes de mortalité chez les enfants de moins de 5 ans et cette proportion est passée à 9,6% en l’an 2000. Le dernier cas de choléra en Tunisie remonte à 1986. Le programme est géré par la DSSB (Direction des Soins de Santé de Base, Ministère de la Santé) sous la responsabilité d’un coordinateur national. L’objectif principal est de prévenir la gravité et de diminuer la mortalité. Ce programme est orienté de ce fait en grande partie vers les diarrhées infantiles et cible ainsi les enfants de 0-5 ans. La surveillance est basée surtout sur la déclaration des cas de diarrhées chez les patients de la tranche d’âge concernée et un rapport mensuel est adressé de la périphérie à la direction régionale, puis au ministère de la santé publique. Sur la base de ce système de déclaration, on note une nette diminution du nombre de cas notifiés annuellement : 126172 cas en 1995 contre 78126 cas en 1999 et 67623 cas 2000. La sous-déclaration des cas est estimée à près de 20%. Les hôpitaux ne participent pratiquement pas à ce système de déclaration ; seuls les cas graves, adressés aux services hospitaliers, sont explorés et déclarés. Il est à noter néanmoins que les cas avec déshydratation aiguë stade II et III ont connus une tendance à la baisse au cours de la dernière décennie (1,62% en 1990 contre 1,4% en 2000).
La coproculture n’est pas demandée systématiquement par les médecins bien qu’elle soit disponible dans pratiquement tous les hôpitaux régionaux. La recherche d’une étiologie virale est très rarement demandée. Dans ce cadre, il est à signaler que le laboratoire de bactériologie de l’Institut Pasteur de Tunis intervient en tant que Centre National de Référence agré2 par l’OMS pour les Salmonella, Shigella et Vibrio cholerae. A ce titre, il participe à la surveillance nationale des salmonelloses humaines et vétérinaires, des shigelloses et du choléra. Le nombre annuel de souches d’origine humaine collectées dans ce centre national varie entre 500 à 900 pour les salmonelles (moyenne = 710 souches) et entre 40 et 115 pour les shigelles (moyenne = 65 souches) [24,25,26,27]
Maroc
Les diarrhées demeurent un problème de santé publique. En effet, elles représentent 30 à 35% des demandes de soins dans les dispensaires et entraînent l’occupation de 30% de lits d’enfants dans les hôpitaux. Certes, les causes présumées virales restent les plus importantes. Néanmoins, les agents bactériens (salmonelles, shigelles, E.coli, Vibrio cholerae) et parasitaires (cryptosporidies et giardia) sont également incriminés. L’isolement des salmonelles et des vibrio ne se fait, le plus souvent, que lors des épisodes épidémiques et rarement en routine.
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RÉSULTATS ATTENDUS
Algorithmes de prise en charge des diarrhées : la mise en place de ce réseau de surveillance des résistances aux antibiotiques des principales bactéries responsables des diarrhées devrait permettre de transmettre aux autorités de santé certaines recommandations afin d’actualiser les algorithmes de prise en charge des diarrhées prévalence des principales bactéries entéropathogènes dans l’étiologie des syndromes diarrhéiques. |
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COMPOSANTES |
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Antibiorésistance |
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Antipaludéens |
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Antibiorétroviraux |
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Variabilité génétique des agents pathogènes prévenus par la vaccination antipoliomyélite
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Réseau informatique
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PUBLICATIONS DES ÉQUIPES |
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