Cours et ateliers en 2006 et 2007

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Mars 2006

• 20 - 30 mars 2006
  1^er Cours Régional de Bio-informatique de Casablanca
  Analyse bio-informatique des données de séquence 
  Institut Pasteur du Maroc Casablanca

Objectifs

Proposer aux utilisateurs de données génomiques, les bases théoriques et pratiques concernant les méthodes et les outils informatiques d'analyse de séquences, et de Phylogénie.

Profils des participants

•  Niveau : Troisième cycle, Chercheurs
•  Pratique de la bureautique sur PC et des navigateurs web
•  Etre impliqué dans des projets utilisant les données de génotypage (en cours ou débutant)

Dossier de candidature (avant le 15.2.06)

•  Une lettre de motivation avec descriptif du projet personnel*
•  Curriculum vitae
•  Deux lettres de recommandations

Nombre de places : 20

Organisation et Renseignements

Contenu du cours

Les ressources en bioinformatique
Présentation de l'environnement informatique.
Echange de données avec un serveur UNIX.
Les banques de données biologiques.
Manipulation de programmes pour la recherche d'information.
Ressources disponibles sur le web.

Recherche de similitudes dans les banques de données
Comparaison de 2 séquences biologiques.
Matrice de similitudes (PAM/BLOSUM).
Les logiciels Blast et Fasta.
Alignement Multiple.
Méthodes d'obtention d'un alignement multiple.

Analyse de séquences
Recherche de motifs particuliers.
Les bases de données de motifs protéiques et nucléiques.

Génomes et assemblage
Obtention de données de génome.
Présentation d'une plateforme d'assemblage.

Phylogénie
Les principaux algorithmes sur lesquels s'appuie la construction d'arbres phylogénétiques.
Enchaînement des étapes dans la détermination phylogénétique.

Intervenants

Corinne Maufrais, Institut Pasteur de Paris
Olivier Perret, Institut pasteur de Paris
Simonetta Gribaldo, Institut pasteur de Paris
Société Applied Biosystem
Jambou Ronan, Institut Pasteur de Dakar, Sénégal.

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• 30 mars – April 7 avril 2006
  

  Human and Microbial Genomics: DNA Arrays applied to Human Pathogens & Diseases

for Research Postgraduate Students (MD, PhD)
Hellenic Pasteur Institute

Organizers:
Odile Ozier-Kalogeropoulos and Evie Melanitou
(Institut Pasteur, Paris)

Local committee:
Penelope Mavromara, Avgi Mamalaki and Ketty Soteriadou
(Hellenic Pasteur Institute)

Le programme est disponible en cliquant ici et les résumés des cours peuvent être consultés en cliquant là.

Un diaporama contenant une sélection de photographies est également mis à votre disposition. Remerciements à l'Institut Pasteur Hellénique et à Aleksandra Swiercz pour les photos.

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Avril 2006

• 10 au 16 avril 2006
  Premier cours « Leptospires et les leptospiroses ».
  Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie

Durée : 7 jours plein temps (5 jours cours théoriques, 2 jours travaux pratiques)

Objectifs principaux :
Offrir un background synthétique, complet et actualisé sur les leptospiroses (métabolisme, taxonomie, génétique, épidémiologie, aspects cliniques chez l'homme et l'animal, physiopathologie, immunologie, traitement, vaccination, diagnostic, mesures de contrôle et de prévention, état de la recherche). Former les participants auxs progrès réalisés dans la connaissance des leptospiroses et des techniques actuelles de diagnostic de cette zoonose (sérologie, culture, diagnostic moléculaire incluant la PCR en temps réel).

Intérêt du cours pour la région Asie-Océanie :
Rendre compte du mode de propagation (endémique ou épidémique) de la leptospirose humaine dans divers pays asiatiques et Etats et territoires océaniens.

Evaluer l'incidence de la leptospirose dans ces pays.

Identifier les principaux sérogroupes de Leptospira en circulation afin de comprendre les modes d'exposition humaine les plus probables.

Examiner les différentes méthodes de tests en laboratoire et recommander des méthodes fiables et réalisables par des laboratoires de différents niveaux.

Sensibiliser les décideurs nationaux et internationaux à l'impact de la leptospirose sur la santé publique.

Public ciblé :
Cet enseignement est destiné à des candidats médicaux et scientifiques ne connaissant pas ou peu les leptospiroses humaines et animales ou désirant parfaire leurs connaissances sur cette zoonose. Le cours comprend des conférences, des travaux pratiques et des séminaires.

Lieu :
Nouméa (Nouvelle-Calédonie). Locaux de la Communauté du Pacifique Sud (CPS) pour la partie théorique et campus de l'Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie pour la partie pratique.

Nombre d'étudiants :
12 maximum préférentiellement de la zone Asie-Océanie. Toutefois, les candidats des pays extérieurs à cette zone sont fortement incités à déposer leurs candidatures.

Langues :
Français et Anglais (possibilité de traduction simultanée)

Organisateurs  :
Responsable du cours : Fabrice MERIEN
Laboratoire de recherche en bactériologie, Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, BP 61 98845 Nouméa Cedex NOUVELLE-CALEDONIE

Responsable adjoint du cours : Tom KIEDRZYNSKI
SPC BP D5 98845 Nouméa Cedex NOUVELLE-CALEDONIE

Financement :
Les candidats sélectionnés bénéficieront d'une prise en charge des titres de transport et de l'hébergement. Les repas et les dépenses d'ordre personnel ne sont pas inclus sauf indications particulières (voir « événementiels »).

Candidature :
Le dossier de candidature comprend un formulaire d'inscription dûment rempli (avec photo sous forme numérique, un curriculum vitae et deux lettres de recommandation). La date limite de dépôt des candidatures est fixé au 15 février 2006.

Evénementiels :
Un buffet de Gala (restauration style fruits de mer) est prévu le vendredi 14 avril au soir. Une journée détente sera organisée sur l'ilôt phare Amédée le lundi 17 avril.

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First course « Leptospires and leptospirosis ».
Institut Pasteur in New Caledonia

Dates: April 10 th –16 th , 2006

Length: 7 days full time (5 days conferences and workshops, 2 days practical courses)

Main objectives:
Teaching topics will include :

•  Plenary sessions for all participants covering theoretical knowledge in leptospirosis (morphology, physiology and growth, genetics and variability, antigenic structures, taxonomy, epidemiology, pathogenesis, immunity, clinical aspects in humans and animals, laboratory testing, measures for control and prevention).

•  Practical course aiming to acquire knowledge and practice in the laboratory diagnosis of leptospirosis (serology, culture, molecular biology including real-time PCR).

•  Workshops focusing on scientific publications.

Project objectives for the Asia-Oceania area:
Describe the mode of circulation of human leptospirosis in various states and territories.

Assess the incidence of leptospirosis in those sites.

Identify the main circulating serogroups of Leptospira , in order to understand the most probable routes of human exposure.

Review different laboratory testing methods and recommend feasible and reliable methods for differents levels of laboratories.

Advocate public health significance of leptospirosis among national and international decision makers.

Target candidates:
The program is designed to enable participants to become familiar with leptospirosis. The course is addressed to medical and scientific candidates with strong interest in this zoonosis. In addition to theoretical courses and practical sessions, open discussions will be held aiming to encourage interactions between participants on topics related to the subjects of the course (workshops sessions).

Place:
Nouméa (New Caledonia, South Pacific). Conferences and workshops will be held at the Secretariat of the Pacific Community (SPC). Practical courses will be held at the Institut Pasteur of New Caledonia (IPNC).

Number of students:
The number of participants is limited to 12. Priority will be given to students from Asia and Oceania. Candidates of other countries are also encouraged to apply.

Languages: French and English (possibility of simultaneous translation)

Organizers:

Fabrice MERIEN
Laboratoire de recherche en bactériologie, Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, BP 61 98845 Nouméa Cedex NOUVELLE-CALEDONIE

Tom KIEDRZYNSKI
SPC BP D5 98845 Nouméa Cedex NOUVELLE-CALEDONIE

Fees:
Registration, accomodation fees and travel expenses are fully covered. Meals are not included excepted specific events (see social events).

Application:
Registration file includes one Application form with electronic photo, curriculum vitae and two recommendation letters. Deadline for registration is February, 15 th 2006.

Social events:
A Gala buffet in a seafood restaurant will be held Friday evening (April 14 th 2006). A one-day trip will be organized on Monday, April 17 th , at the Amédée Lighthouse island located 10 nautical miles from Nouméa.

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Mai 2006

• 2 to 12 May 2006
  Immunophysiology of infections

Location: Training Center "Jacques Monod", National Institute for Research and Development for Microbiology and Immunology "Cantacuzino", Bucharest, Romania

Organizing committee:

Dorel Lucian Radu (Cantacuzino Institute, Bucharest)
Jean-Marc Cavaillon (Pasteur Institute, Paris)
Aurora Salageanu (Cantacuzino Institute, Bucharest)

Course description: The course comprises two modules: (1) theoretical lectures (basic aspects and up-dates of the role of immune responses in infectious diseases) and (2) practical works (basic immunology laboratory techniques).

Number of students: maximum 50 (for theoretical module); maximum 15 (for practical works). One could attend one or both modules of the course.

Entry requirements
Applicants should have a degree in an appropriate. scientific discipline and minimal laboratory experience. Priority will be given to Central and Eastern Europe applicants. The course will be taught in English.

Application
Applications should be sent by email or fax/post to Aurora Salageanu, Cantacuzino Institute, 103 SpI. Independentei, sector 5, 050096 Bucharest , Romania.

The closing date for application is March 15, 2006.

Selection procedure
For theoretical module (lectures): the candidates should send the application form.
First registered, first accepted.
For practical works, the candidates should send the application form and curriculum vitae; the applications will be reviewed by the course committee and the candidates selected according to their CV. Candidates will be informed of the decision of the course committee by the beginning of April 2006.

Fees
There will be no registration fee for this course. Accommodation fees will be covered by the sponsoring organizations only for 15 selected candidates to both modules. The other participants should support themselves accommodation and travel expenses.

Download the poster and program.

• 8 au 13 mai 2006
  Cours de Métrologie

ORGANISER LA FONCTION METROLOGIE AU SEIN DE SON INSTITUT AVEC L'AIDE DE LA CELLULE INTERNATIONALE DE METROLOGIE

Appel à candidature 2006

Objectifs
L'objectif du cours de métrologie, organisée par la "cellule métrologie" du réseau, est d'initier à la fonction métrologie des correspondants en les formant à la gestion du matériel et en métrologie pour les grandeurs masse et température.
En plus de ses prestations de formations, de conseils et d'assistance pour la mise en place et le suivi de cette fonction, la "cellule métrologie" propose aux Instituts qui l'intégreront des prestations techniques telles que la cartographie des enceintes climatiques ou le contrôle des flux laminaires.

Contenu du cours
Le cours aura une partie théorique, mais aura essentiellement un caractère technique.

Partie théorique : Le rôle du métrologue dans son Institut, sa relation avec la "Cellule Métrologie", notions de base sur le VIM (Vocabulaire International de Métrologie), les bases de la qualité au travers de la norme ISO / CEI 17025, les erreurs, la tolérance, les bases de l'évaluation des incertitudes et leur utilisation pour les déclarations de conformité et de non conformité .

Partie pratique : l'enregistrement du matériel, l'étiquetage, la traçabilité, les certificats d'étalonnage, les rapports de vérification, les cartes de contrôle.

Partie technique : Métrologie des masses : vérification d'une balance étalonnage de masses. Métrologie des températures : étalonnage d'un thermomètre, cartographie d'une enceinte climatique (étuve). Métrologie des volumes : vérification des pipettes.

Langue du cours
La langue du cours est le Français.

Public ciblé
Le cours est destiné aux futurs correspondants métrologie des Institut Pasteur du Réseau.

Nombre de participants
6 participants (maximum).

Organisation du cours
Le cours se fera en une seule session, du 8 au 13 mai.

Organisateurs
Institut Pasteur de Dakar, Institut Pasteur de Tunis, Service Qualité Institut Pasteur à Paris.

Financement
Les candidats sélectionnés bénéficieront d'une prise en charge complète de leur hébergement, repas et frais de scolarité. Les titres de transport ne seront pas pris en charge.

Candidature

Le dossier de candidature comprend un formulaire dûment rempli, une lettre de motivation, un curriculum vitae, deux lettres de recommandation.

Informations complémentaires
Contacter Mr Guy GIRAULT
36, Avenue Pasteur
BP 220 Dakar-Sénégal
Tel: (221) 839 93 42
Fax: (221) 839 92 10

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Juin 2006

• 5 - 15 juin 2006
  The First Joint Pasteur Institute/ Wellcome Trust Course on Genomics in South America.
  Montevideo , Uruguay

  This ten-day course will aim to give postgraduate students or postdoctoral scientist, with a focus of research interest in the field, an introduction to bioinformatic tools and genomic analysis. It will take the form of a series of modules covering most aspects of sequence analysis and exploitation. Each module will be introduced with a short talk followed by 'hands on' worked examples in the use of public databases and web-based sequence analysis tools for pathogen genome sequences.

  The first week of the course will be taught by members of the Institut Pasteur-Paris, Institut Pasteur-Montevideo and the National Scientific Computational Lab (LNCC) from Brazil . This will provide an introduction into genomics, covering how and where to obtain genome data, sequence assembly and a basic introduction to sequence annotation. A variety of different software platforms will be used during the course of this week for both sequence analysis and genome comparison.

  The second week of the course will build on the first. It will be taught by members of the Wellcome Trust Sanger Institute Pathogen Sequencing Unit (PSU) and will focus on the annotation and comparative analysis of prokaryotic and Eukaryotic pathogens. It will also provide a firm grounding in the use of the genome analysis software (Artemis and ACT) developed by the PSU. Artemis is a powerful annotation tool and DNA viewer that allows the user to analyze sequence data generated in house as well as being able to upload and re-analyze data taken from databases such as EMBL or Genbank. ACT is a comparative genomic tool that allows direct, and interactive, comparisons of multiple genomes/sequences. This enables the user to exploit the growing number of genomes from closely related organisms to look at genome architecture and evolution. Practical exercises will be conducted using many of the organisms sequenced by the PSU (bacterial pathogens, e.g. Salmonella and Chlamydia), as well as small eukaryotic pathogens (such as Plasmodium and Trypanosomes) to illustrate points in whole genome analysis.

  This course is the first time The Wellcome Trust Advanced Courses' 'Working with Pathogen Genomes' workshop has been held outside of the UK . We plan to establish this and human genome-related courses in Uruguay and will be running both courses on yearly basis.

  This will be also the inaugural academic activity for the new Institute Pasteur Montevideo which has been set up in Uruguay in order to build a strong relationship with the region.

  For further details and how to apply, please see the website.
  The closing date for application is 7 th April 2006.

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Juillet 2006

• 17 au 22 juillet 2006
  Atelier d'immunologie "Effects of natural products on cancer cell and cytokine production"

Langue du cours : La langue d'enseignement sera l'anglais.

La brochure du cours, ainsi que le formulaire d'inscription, sont en ligne.

Pour tout renseignement, contacter les organisateurs.

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Septembre 2006

• 1 - 3 septembre 2006
  Symposium on Re-Emerging Virus Infections
  
  PASTEUR/NHRI/CDC Symposium on Re-Emerging Virus Infections, Tainan (Taiwan), 1-3 September 2006
  
  For more informations  : http://h5n1.lstar.com.tw/ and http://pasteur_virus.lstar.com.tw /
  
  On line registration : June 1, 2006 to August 1, 2006
  
  The Symposium on Re-Emerging Virus Infections includes Three main sessions :
  
  1) Influenza, especially H5N1
  2) Dengue
  3) Enterovirus and other re-emerging viruses
  
  Dates : September 1 (Friday) – September 3 (Sunday), 2006
  
  Venue : 5F, Banquet Hall A, Tayih Landis Hotel, Tainan, Taiwan. 660, Sec. 1, Shi Men Road, Tainan 700, Taiwan
  
  Sponsors
  Institute Pasteur, France
  National Health Research Institutes, Taiwan
  Center for Disease Control , Taiwan
  
  Co-sponsors
  College of Medicine, National Cheng Kung University, Taiwan
  Roche Products Ltd.
  
  Organizers
  Ih-Jen SU (Taiwan), Noel TORDO and Jean-Louis VIRELIZIER (Institut Pasteur Paris)
  
  The Secretariat office:
  Division of Clinical Research, National Health Research Institutes
  12C, NCKU Hospital, 138 Sheng Li Road, Tainan 704, Taiwan
  Tel : + 886-37-246-166 ext. 65202
  Fax: + 886-6-302-8046
  E-mail: virus_symposium@nhri.org.tw
  Attn: Ms. Vivian Wang

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• 2 - 21 septembre 2006
  Cours de Mycobactériologie Médicale

Pour consulter l'annonce du cours cliquez ici.

La fiche d'inscription est disponible en ligne.

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• 10 - 15 septembre 2006

L'Institut Pasteur de Bruxelles organise un Cours de génotypage des Papillomavirus Humains (HPV). Le cours est destiné aux membres du Réseau Iinternational des Instituts Pasteur (RIIP).

Pour consulter le programme du cours cliquez ici (texte français) ou là (English text).

L'enseignement durera du 10 au 15 septembre 2006 et comprendra des conférences et 4 journées de travaux pratiques.

Le but du Cours est de renforcer et standardiser les compétences des laboratoires des Instituts Pasteur du RIIP en ce qui concerne la détection et le génotypage des HPV. En utilisant des techniques standardisées, répondant aux objectifs définis par l'OMS et facilement utilisable, les Instituts Pasteur pourront contribuer à la surveillance épidémiologique des HPV dans le monde. L'OMS encourage le développement de laboratoires de génotypage des HPV. Le cours sera le prélude à des collaborations au sein du réseau et devrait permettre d'établir des centres de références répartis dans différentes régions du monde.

Le cours est ouvert aux chercheurs, médecins, pharmaciens, vétérinaires, biologistes et techniciens exerçant dans un laboratoire de microbiologie ou d'anatomie-pathologique. Il s'adresse plus particulièrement aux personnes intéressées par la surveillance des infections par les HPV dans leur pays. L'enseignement sera assuré en français. Si nécessaire, pour certains étudiants, l'encadrement pourrait être assuré en anglais. Le nombre de places disponibles est de 15.

Les candidatures doivent être formulées sur le modèle de fiche disponible en ligne et retournées avant le 30 juin 2006 à l'adresse vfontaine@pasteur.be. Les réponses aux candidatures seront envoyées par e-mail ou par fax avant 15 juillet 2006.

Les frais de séjour pendant la durée du cours (5 nuitées en pension complète) seront approximativement de 110 Euros, à charge des participants. Ces frais seront payables au compte bancaire de l'association asbl "Les Amis de l'Institut Pasteur de Bruxelles" dont les coordonnées seront fournies dès l'acceptation de la candidature. Les frais de déplacements seront en principe à la charge des participants.

Octobre 2006

• 27 octobre - 1er novembre 2006
  2ème Cours Méditerranéen Supérieur d'Immunologie « De l'Immunologie Fondamentale à l'Immunologie anti-Parasitaire », Nouvel Institut Pasteur d'Algérie (NIPA) sis à Dely Ibrahim, Alger

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Novembre 2006

• 6 - 25 novembre 2006
  Cours Antibiorésistance : du phénotype au génotype , Casablanca, Maroc

 Le premier cours "Antibiorésistance : du génotype au phénotype" aura lieu à Casablanca, Maroc sur les sites de la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Casablanca et l'Institut Pasteur du Maroc, du 6 au 25 novembre 2006.

 Ce cours est co-organisé par l'Institut Pasteur du Maroc et la faculté de Médecine et de Pharmacie de Casablanca, avec l'appui de l'Institut Pasteur de Paris et le soutien du Service de Coopération et d'Action Culturelle de l'Ambassade de France au Maroc.

L'enseignement proposera des cours fondamentaux sur les mécanismes de résistance aux antibiotiques et des travaux pratiques axés sur la mise en évidence et l'identification des gènes de résistance.

Pour plus d'informations : site l'Institut Pasteur du Maroc (rubrique évènement) et site de la faculté de médecine et de pharmacie de Casablanca.

L'appel à candidatures est ouvert et la date limite d'envoi des dossiers est le 15/09/2006.

 Nombre de places : 20 (dont 5 réservées au RIIP)
Langue d'enseignement : français
Frais de cours : aucun
Frais de voyage et de séjour : à la charge des étudiants

Contact pour le cours : cours-ATBR@pasteur.ma

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• 21 - 29 novembre 2006
  Molecular techniques in typing of infectious diseases

An international workshop on “Molecular techniques in typing of infectious diseases” will be held from November 21 to 29th, 2006, at the Institut Pasteur d'Iran in collaboration with Institut Pasteur, France. The workshop will have lecture and hands-on practical sessions.
The registration fee and the accommodation in Tehran during the workshop will be free of charges for the participant from the Pasteur Institute Network.

Further information is provided on the website.

For registration inquiries please contact:

Dr. Mohammad R. Pourshafie
Institut Pasteur d'Iran
Microbiology Department
Tehran, Iran

Fax: +9821 6645132

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Décembre 2006

• 4-8 décembre 2006
  Pasteur-Areva Course Blood-borne viruses: HIV, Institut Pasteur of Shanghai

Course Announcement Course Grant Application Course Schedule For more information , please contact : Institut Pasteur of Shanghai Fax: +8621 6384 3571 chenfang @sibs.ac.cn www.shanghaipasteur.ac.cn

4-8 décembre 2006
Cours de Bioinformatique à Dakar

Le quatrième cours de Bio-Infomatique de Dakar aura lieu au Campus numérique francophone de l'AUF à Dakar du 4 au 8 décembre 2006. Il sera consacré cette année à «l'Analyse phylogénique».

L'enseignement  proposera aux utilisateurs de données génomiques, les bases théoriques et pratiques concernant les méthodes d'alignements et d'analyse phylogénique. La moitié du temps sera consacrée à l'analyse de cas sur ordinateur.
Ce cours est co-organisé par l'Institut Pasteur de Dakar et l'Université Cheikh Anta Diop, avec l'appui de l'Institut Pasteur à Paris et le soutien financier de l'Agence universitaire de la francophonie (AUF).

L'appel à candidatures est ouvert et la date limite d'envoi des dossiers est le 15 août 2006.
Nombre de places: 20 (dont 5 réservées au RIIP)
Langue d'enseignement: français
Frais de cours: aucun

Pour les personnels du RIIP, les demandes de prise en charge seront à adresser à la Direction des Affaires Internationales. Le dossier, à télécharger sur la page Bourses du site http://www.pasteur-international.org/ , doit être adressé en 1 exemplaire par courrier électronique à boursesRIIP@pasteur.fr après acceptation au cours par le comité de pilotage.

Contact pour le cours : rjambou@pasteur.sn

En cas de problèmes, de remarques, ou de questions concernant cette page Web, écrire à coeffier@pasteur.fr