Le diagnostic par PCR, adossé à un réseau de formations sanitaires envoyant des échantillons de LCR de toutes les régions du pays, constitue le socle de la surveillance microbiologique des méningites bactériennes au Niger, depuis 2002. Le CERMES est officiellement mandaté par le Ministère de la Santé pour la collecte, la gestion et la diffusion des données issues de la surveillance. Le FSP « méningites » a permis de renforcer les capacités de laboratoire au CERMES, d’étendre et de pérenniser le réseau de formations sanitaires participant à la surveillance des méningites.

Le système de recueil des échantillons et des données épidémio-cliniques parfaitement opérationnel. Ainsi, lors de saison de méningites 2008 (1^er semestre), 2522 échantillons de liquide céphalorachidien ont été envoyés au CERMES par 36 des 42 districts sanitaires que compte le pays, tandis que 3231 cas présumés de méningite ont été notifiés au système national de surveillance. Seuls 173 échantillons étaient utilisables pour mise en culture et ils ont permis d’obtenir 36 souches : 26 N. meningitidis, 8 S. pneumoniae et 2 H. influenzae. Une PCR a été réalisée sur 2504 échantillons, dont 45.7% ont donné un résultat positif : 89.2% pour N. meningitidis, 8.7% pour S. pneumoniae et 2.2% pour H. influenzae. Le sérogroupe A représentait 98.3% des méningocoques identifiés.

Le partenariat étroit avec le centre collaborateur OMS pour les méningocoques (Le Pharo, Marseille) a été poursuivi et 17 souches de N. meningitidis du Niger ont été documentées de manière approfondie (y compris séquençage). 

Le CERMES a également produit 5000 kits de diagnostic rapide (5000 bandelettes A/W135 et 5000 C/Y) mis en place gratuitement dans 165 formations sanitaires de 30 districts.

      Le contexte

Le FSP « méningites » a été conçu en 2001, date à laquelle on a observé au Burkina Faso, la première grande épidémie de méningites documentée liée à Neisseria meningitidis de sérogroupe W135. A cette occasion, l’extrême déficit en capacités de diagnostic de laboratoire des méningites dans les pays de la ceinture africaine était apparu comme flagrant. Le programme a été officiellement lancé en janvier 2007, pour une durée de 3 ans. Il a réellement débuté en mai 2007, avec la réunion du conseil scientifique. La mise en place des activités dans les pays a été ensuite subordonnée à la signature des conventions, ce qui a été fait durant le second semestre 2007.