A ce jour, les principaux programmes de recherche des Instituts du Réseau portent sur le contrôle des maladies infectieuses.

Les thèmes de recherche sont choisis en fonction :

des connexions très étroites avec des pathologies locales dominantes,
de recommandations des autorités sanitaires nationales ou internationales,
de l'environnement scientifique,
du contexte socio-économique ou politique local.

Tous ces facteurs peuvent influer sur la bonne exécution d'un programme, faciliter ou entraver des collaborations, rendre plus difficiles les transferts de technologie nécessaires, gêner l'accès au terrain, etc.