Le Réseau, avec des règles de participation, est une communauté scientifique fondée sur une démarche volontariste de coopération internationale et d'une cooptation de ses membres .
Les Instituts du Réseau International sont des instituts indépendants relevant chacun des autorités de leur pays. Partageant les mêmes missions de lutte contre les maladies principalement infectieuses, ces 30 instituts, unis par la même culture "pasteurienne" et les mêmes valeurs, sont associés dans des partenariats et des collaborations en matière de recherche scientifique, de formation et de services de santé publique.
L'adhésion au Réseau International des Instituts Pasteur est volontaire. L'admission est décidée par le Conseil des Directeurs du Réseau International.
Le Conseil des Directeurs, composé des Directeurs de chacun des instituts membres, est présidé par le Directeur Général de l'Institut Pasteur à Paris. Il se réunit deux fois par an et élit douze représentants à l'Assemblée de l'Institut Pasteur. Un Vice-Président est élu pour trois ans, actuellement Jean-Louis SARTHOU. Au cours de ce conseil, les Directeurs font part des progrès ou problèmes des programmes communs du Réseau International auxquels ils participent et décident de la mise en place de nouveaux échanges ou collaborations entre les instituts intéressés par les programmes proposés.
Le Bureau exécutif du Réseau, créé en 2003, est présidé par le vice-président du Conseil des Directeurs et composé des directeurs désignés par les instituts des régions et du Directeur des Affaires internationales.
Le Réseau s'est doté d'un budget commun, chaque institut y participant à hauteur de 0,2 % de son propre budget. Ce fonds commun, géré par le Bureau exécutif, soutient les actions communes d'enseignement, la mobilité des chercheurs et la mise en œuvre de la stratégie scientifique. Le bureau exécutif est chargé de l'application et du suivi des programmes financés par le budget commun.
Une Charte des valeurs pasteuriennes et une Déclaration des valeurs pasteuriennes partagées ont été adoptées par l'ensemble des membres du Réseau.
La coordination des activités communes et la gestion des Instituts Pasteur liés plus directement à l'Institut Pasteur à Paris sont assurées par la direction des Affaires internationales. Elle gère également les financements et les personnels mis à la disposition de certains instituts par l'Institut Pasteur à Paris ou le gouvernement français.
L'Institut Pasteur de Paris met à la disposition du Réseau International des moyens en personnel pour assurer son bon fonctionnement.
Le Réseau International est doté de moyens de liaison et de documentation éléctroniques. Ces moyens mettent à la disposition des Instituts membres, ainsi qu'aux communautés qui les entourent, des informations et des moyens de communications indispensables à leurs activités et à leurs partenariats.
Le Réseau international s'est développé et a choisi de se structurer sur une base régionale avec la mise en place de cinq pôles régionaux : Afrique, Amériques, Asie-Pacifique, Europe et Maghreb-Iran .
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